Obec bola založená v roku 1332 a už v druhej polovici 14. storočia mala svoj kostol. Na vtedajšie pomery to bola významná skutočnosť, nakoľko ku kostolu patrila aj farnosť a vtedy cirkev zabezpečovala skoro všetky potreby občanov (krsty, sobáše, pohreby, listiny atď.), takže obec sa stala centrom (aj vďaka svojej polohe) ďalším deviatim okolitým obciam. Tento rímskokatolícky kostol Ružencovej Panny Márie z 13. storočia sa v obci dochoval dodnes.
V roku 1942, počas okupácie maďarským vojskom sa obec spojila s obcou Malý Šúr a zlúčili sa pod spoločným názvom Hasvár. V roku 1948 dostala obce názov Kostolná pri Dunaji, v tom čase v nej žilo 461 obyvateľov, zväčša maďarskej národnosti (71% Maďarov a 21% Slovákov).
V obci sa veľkej pozornosti teší Oáza sibírskych tigrov, ktorá sa nachádza v bezprostrednej blízkosti dediny.